AutoDock Vina
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Servidor web para docking molecular automatizado. Analiza la unión entre proteínas y ligandos sin instalar software, con informes de afinidad y descarga de poses en 3D.
Qué es AutoDock Vina y para qué sirve
AutoDock Vina Online es un servidor web avanzado diseñado para el docking molecular automatizado y el cribado virtual de fármacos en la nube. Esta herramienta permite ejecutar simulaciones de acoplamiento de receptores rígidos directamente desde el navegador, eliminando la necesidad de configurar entornos locales complejos, instalar Conda o gestionar dependencias de software en el ordenador. Es una solución orientada a investigadores en química medicinal, biología estructural y toxicología que buscan predecir la afinidad de unión entre moléculas pequeñas y proteínas diana.
El núcleo tecnológico de la aplicación se basa en el motor AutoDock Vina 1.2.7 y la herramienta de preparación Meeko. El flujo de trabajo comienza con la entrada de una estructura proteica, ya sea mediante un PDB ID de RCSB o la subida de un archivo propio. Los ligandos se introducen en formatos SMILES o SDF. El sistema automatiza tareas críticas como la limpieza del receptor, la protonación a un pH ajustable (por defecto 7.4) mediante dimorphite-DL y la generación de conformadores 3D con RDKit utilizando el método ETKDG.
Capacidades principales y beneficios funcionales:
- Pipeline automatizado de extremo a extremo: Realiza la preparación de archivos PDBQT, el docking y el postprocesamiento sin intervención manual ni uso de scripts.
- Cribado virtual por lotes: Permite procesar hasta 300 ligandos por trabajo, utilizando trabajadores en paralelo en el servidor para acelerar la obtención de resultados.
- Control de calidad riguroso: Integra PoseBusters QC para validar la integridad física de las poses y ofrece comprobaciones de redock co-cristal para asegurar la precisión del sitio de unión definido.
- Análisis ADMET e interacciones: Calcula descriptores de Lipinski, Veber y QED, y genera perfiles detallados de interacciones proteína-ligando mediante PLIP.
- Entregables listos para publicación: Proporciona un informe PDF profesional, figuras de interacción 2D, renders de PyMOL y un archivo ZIP con las tres mejores poses por ligando en formatos SDF y PDB.
La herramienta destaca por su enfoque en la reproducibilidad científica. Cada ejecución registra los parámetros exactos y las versiones del software en un manifiesto técnico (run_manifest.json), facilitando la redacción de la sección de Methods en manuscritos científicos. Además, ofrece un visor 3D interactivo para inspeccionar los complejos proteína-ligando directamente en la web. Al ser una plataforma nativa en la nube, garantiza la privacidad procesando los datos de forma segura, lo que la convierte en una alternativa eficiente para el descubrimiento de fármacos in silico y estudios de SAR (Relación Actividad-Estructura) sin depender de hardware especializado. El usuario puede validar su configuración sin coste antes de ejecutar el proceso de cómputo final, asegurando que el sitio de unión y los ligandos sean correctos.
Funciones y casos de uso de AutoDock Vina
Cómo usar AutoDock Vina
Preguntas frecuentes sobre AutoDock Vina
¿Qué es AutoDock Vina Online y para qué sirve?
Es una herramienta web automatizada que permite realizar docking molecular de receptores rígidos directamente en el navegador sin necesidad de realizar instalaciones locales complejas.
¿Es necesario instalar software adicional para utilizar AutoDock Vina?
No, esta plataforma funciona íntegramente en la nube y gestiona automáticamente la preparación del receptor y los ligandos con Meeko, evitando configurar entornos de Python o Conda.
¿Cómo se definen los ligandos para realizar el acoplamiento?
Puedes introducir los ligandos de forma individual mediante códigos SMILES o subir un archivo SDF multirregistro para procesar lotes de hasta trescientos compuestos por trabajo.
¿Qué tipo de resultados obtengo tras completar un trabajo en AutoDock Vina?
Recibirás un paquete ZIP con las mejores poses en formato SDF y PDB, un informe en PDF con tablas de afinidad, figuras de interacciones PLIP y datos de propiedades ADMET.
¿Cómo funciona el sistema de créditos para el docking molecular?
El sistema deduce créditos según el volumen de ligandos, donde un trabajo de uno a tres compuestos consume un crédito y se añade un crédito por cada cinco ligandos adicionales.
¿Puedo validar mi configuración antes de gastar créditos?
Sí, la plataforma permite realizar una revisión gratuita de la proteína, la caja de unión y los ligandos para detectar errores antes de proceder a la ejecución final del docking.
¿Qué sucede con mis datos una vez finalizado el proceso de AutoDock Vina?
Los datos se procesan de forma segura en la nube y se eliminan automáticamente del servidor tras un periodo determinado que varía entre siete y noventa días según tu plan de suscripción.
¿Qué ajustes están fijos en el motor de cálculo de AutoDock Vina?
Para garantizar la reproducibilidad, el sistema utiliza una exhaustividad de ocho, genera nueve modos de unión y establece un rango de energía de tres kilocalorías por mol.
¿Permite la herramienta el uso de receptores flexibles?
Actualmente este pipeline está diseñado exclusivamente para docking con receptor rígido, donde la proteína permanece fija mientras que el ligando mantiene su flexibilidad torsional.
¿Cómo se define la caja de búsqueda para el docking?
Puedes centrar la caja automáticamente usando un ligando de co-cristal, predecir bolsillos en estructuras apo, seleccionar residuos específicos o introducir coordenadas XYZ personalizadas.
Precio de AutoDock Vina y planes disponibles
Gratis
0 $
1 crédito puntual concedido únicamente al registrarse (válido para un trabajo de 1-3 ligandos).
Almacenamiento de resultados durante 7 días.
Acceso al pipeline completo: motor AutoDock Vina, preparación Meeko, informes PDF y archivos ZIP.
Análisis de interacciones PLIP y control de calidad PoseBusters incluidos.
Plan Student
9,99 $ al mes
5 créditos mensuales.
Almacenamiento de resultados durante 14 días.
Pipeline de docking automatizado con receptor rígido.
Generación de informes profesionales y análisis ADMET.
Plan Research
24,99 $ al mes
16 créditos mensuales.
Ejecución de hasta 2 trabajos concurrentes.
Cola de procesamiento prioritaria.
Almacenamiento de resultados durante 30 días.
Recomendado para laboratorios pequeños y proyectos de investigación activa.
Plan Lab
49,99 $ al mes
35 créditos mensuales.
Ejecución de hasta 5 trabajos concurrentes.
Cola de procesamiento prioritaria.
Almacenamiento de resultados durante 90 días.
Diseñado para equipos de investigación y cribado virtual intensivo.
Paquetes Puntuales (Compra única sin suscripción)
Desde 7,99 $
Single Run Pass (7,99 €): Incluye 3 créditos puntuales.
Screening Pack (19,99 €): Incluye 10 créditos puntuales.
Los créditos de estos paquetes no expiran al final del mes y se consumen tras agotar los créditos de la suscripción.
Límites y consumo de créditos
Docking base: 1 crédito para 1-3 ligandos; para lotes de 4 o más, se cobra 1 crédito por cada 5 ligandos (redondeado al alza).
Límite de plataforma: máximo de 300 ligandos por cada trabajo enviado.
Opciones avanzadas: el renderizado de figuras PyMOL suma +0,5 créditos; la generación de borradores de artículos con IA suma +1 crédito.
Restricción de cuenta: límite de una cuenta gratuita por correo, dispositivo y red.
Capturas de pantalla de AutoDock Vina
Alternativas a AutoDock Vina
Manifold MCP
Conecta agentes de IA con datos en tiempo real de SEO, AEO, redes sociales y publicidad. Facilita la investigación de mercado y captación de leads desde Claude o ChatGPT.
Databricks Genie One
Permite consultar datos corporativos con lenguaje natural para obtener análisis precisos y automatizar tareas sin código, bajo un entorno seguro y con gobernanza integrada.