IsoDDE de Isomorphic Labs: la IA Que Acelera de Semanas a Segundos el Diseño de Fármacos

¿Alguna vez sentiste que buscar una aguja en un pajar sería más fácil que entender por qué un medicamento funciona —o no funciona— en tu cuerpo? En el laboratorio, esa “aguja” suele ser una unión microscópica entre moléculas. Y puede costar años encontrarla.

Ahora, un hallazgo empuja ese proceso hacia otra velocidad. Isomorphic Labs, una filial de Alphabet Inc., presentó IsoDDE, una plataforma de diseño de medicamentos asistida por inteligencia artificial que busca ir más allá de AlphaFold 3, el modelo de Google DeepMind lanzado en 2024.

Según la empresa, la pieza clave es que IsoDDE supera una limitación práctica de AlphaFold 3: su dificultad para generalizar (trabajar bien con casos nuevos) en regiones novedosas del “espacio molecular”, es decir, con moléculas que no aparecían en sus datos de entrenamiento.

AlphaFold 3 fue central para predecir estructuras de proteínas y complejos proteína-molécula, y se usó en investigaciones en más de 190 países. Pero Isomorphic Labs señala que, cuando la tarea pasa del mapa al terreno —del “así se ve” al “así se diseña un fármaco real”—, esa generalización se vuelve un engranaje decisivo.

IsoDDE incorpora nuevas arquitecturas y protocolos de entrenamiento, dos formas de “cableado” y práctica interna que le permiten predecir estructuras y relaciones incluso en sistemas biológicos no caracterizados. En otras palabras: promete moverse con más seguridad en habitaciones que nunca había visitado.

AlphaFold 3 fue como una linterna potentísima para ver la forma de muchas cerraduras. IsoDDE quiere ser, además, un cerrajero: no solo ilumina, también estima qué llave encaja y con cuánta fuerza gira.

En biología, esa “llave” suele ser un ligando (molécula pequeña que se une a una proteína). Y la “fuerza” es la afinidad de unión (qué tan pegadas quedan). El nuevo mecanismo de IsoDDE apunta justo a ese interruptor: predecir no solo la pose, sino el vínculo.

¿Cómo funciona el “interruptor” de la unión molecular?

En pruebas comparativas, Isomorphic Labs reporta que IsoDDE duplica la tasa de aciertos de AlphaFold 3 en predicción de estructuras proteína-ligando en los retos más exigentes. En el benchmark Runs N’ Poses (prueba estandarizada del sector), alcanza 50% de éxito en sistemas completamente nuevos para el modelo, más de 26 puntos porcentuales por encima de AlphaFold 3 en ese escenario.

Además, IsoDDE aborda un desafío clásico de la química computacional: predecir cuantitativamente la afinidad de unión. La compañía afirma que supera a métodos físicos tradicionales como FEP (Free Energy Perturbation, simulación de energía de unión) y lo hace en una fracción del tiempo y del costo.

Eso cambia la aplicación práctica: si el sistema puede clasificar y optimizar compuestos más rápido, se reduce la dependencia de experimentos costosos. Es como pasar de probar cientos de llaves a mano, una por una, a tener un tablero central que descarta las que no van antes de llegar a la puerta.

El salto también aparece en terapias biológicas complejas. IsoDDE destaca en la predicción de interfaces anticuerpo-antígeno, el “apretón de manos” entre un anticuerpo y su objetivo. Y mejora el modelado del lazo CDR-H3 (región más variable del anticuerpo), una de las partes más difíciles de anticipar.

Los datos internos indican que multiplica por 2,3 las predicciones precisas frente a AlphaFold 3 y por hasta 19,8 frente a Boltz-2. Esa diferencia no es decorativa: amplía el abanico de anticuerpos potenciales que pueden diseñarse con ayuda de IA.

El ejemplo más revelador es cereblon, un receptor implicado en marcar proteínas defectuosas para su eliminación. Durante más de 15 años se asumió que tenía un único sitio modulable. Una investigación experimental halló un segundo sitio críptico, difícil de detectar. Con solo la secuencia de aminoácidos y sin ligandos conocidos, IsoDDE predijo ambos sitios y reprodujo el hallazgo.

Para Isomorphic Labs, esa capacidad abre una oportunidad: explorar “dianas huérfanas”, objetivos terapéuticos que antes no ofrecían un punto claro de agarre. Y, con alianzas con Novartis y Eli Lilly, la apuesta no queda solo en el papel: la empresa proyecta llevar medicamentos diseñados íntegramente por IA a ensayos clínicos.

Si la medicina es una casa llena de puertas cerradas, IsoDDE propone un nuevo juego de herramientas: menos fuerza bruta, más diagnóstico fino. Y para el paciente, la promesa es simple de traducir: llegar antes, con mejores opciones, a la llave correcta.